Linus Hardö stod för Stigtomtas avgörande mål efter 58 minuter.
Förlusten var Mariefreds andra uddamålsförlust.
För Stigtomta gör resultatet att laget nu ligger på tionde plats i tabellen, medan Mariefred är på femte plats.
Nästa motstånd för Mariefred är Södertälje. Lagen möts fredag 10 maj 19.00 på Hammarens IP.