Abdi Yusuf blev matchhjälte med sitt avgörande 3-2-mål efter 89 minuter.
BK Sport kvitterade till 1-1 i 39:e minuten, när Johannes Kullberg fick träff. Direkt efter pausen slog Fredrik Danielson till och gav BK Sport ledningen.
BK Sport såg länge ut att gå mot seger. Med nio minuter kvar att spela kvitterade Södertälje FF genom Luka Usorac.
Det matchavgörande målet kom i matchens absoluta slutskede, med en minut kvar att spela, när Abdi Yusuf slog till och gjorde 3-2 för Södertälje FF.
Södertälje FF har två segrar, en oavgjord och två förluster och 9-10 i målskillnad på de senaste fem matcherna, medan BK Sport har fyra vinster och en förlust och 11-6 i målskillnad.
Efter fem matcher har Södertälje FF nu sju poäng och BK Sport har tolv poäng.
BK Sport tar sig an Hällbybrunn i nästa match hemma fredag 17 maj 19.00.