Hugo Jägerskog stod för Nykvarns avgörande mål efter 91 minuter.
Matchen var mållös till Nykvarn tog ledningen efter en knapp halvtimmes spel, genom Linus Gradling. Det dröjde till den 74:e minuten innan Hannes Isaksson kvitterade för BK Sport.
Det matchavgörande målet kom i slutminuterna, i 91:a minuten, när Hugo Jägerskog gjorde 2-1 för Nykvarn. 2-1-målet blev matchens sista.
Nykvarn har en seger och fyra förluster på de senaste fem matcherna, medan BK Sport har fem förluster. Förlusten var BK Sports andra uddamålsförlust.
Resultatet innebär att Nykvarn ligger kvar på åttonde plats och BK Sport på tolfte plats i tabellen.
I nästa match möter BK Sport Hällbybrunn hemma på fredag 12 augusti 19.00.