Segermålet för Helsingborg stod Amar Muhsin för efter 45 minuter.
Helsingborg tog ledningen på tilläggstid i första halvleken, genom Amar Muhsin på pass av Sumar Almadjed.
AFC Eskilstuna har tre oavgjorda och två förluster och 1-3 i målskillnad på de senaste fem matcherna, medan Helsingborg har en vinst, tre oavgjorda och en förlust och 4-4 i målskillnad. Det här var AFC Eskilstunas tredje uddamålsförlust den här säsongen.
Resultatet betyder att båda lagen har oförändrad position i tabellen, AFC Eskilstuna på 14:e plats och Helsingborg på 15:e plats.
Nästa motstånd för AFC Eskilstuna är Gefle. Lagen möts lördag 8 juli 17.00 på Gavlevallen.