Första halvlek blev mållös och det dröjde till den 61:a minuten innan Johan Vallström på straff gav Malmköping U ledningen.
I 69:e minuten slog Emil Eklöf till, och gjorde 0-2. 0-2-målet blev matchens sista.
Malmköping U:s nya tabellposition är fjärde plats, medan Fogdö är på tolfte och sista plats.
I nästa omgång har Fogdö Stenkvista borta på Gyllingsvallen, söndag 15 oktober 14.00.