Efter en mållös första halvlek tog Boo FK ledningen i andra halvleken och hemmalaget lyckades inte resa sig.
I Boo FK blev Lowe Delér, Max Malick Fall och Adam Nilsson målskyttar.
Trosa Vagnhärad står fortfarande utan poäng efter fyra spelade matcher, medan Boo FK har fyra poäng efter tre matcher.
Nästa motstånd för Trosa Vagnhärad är Reymersholm. Lagen möts söndag 7 maj 14.00 på Häradsvallen.