Efter en mållös första halvlek tog Västerhaninge ledningen i andra halvleken och bortalaget lyckades inte resa sig.
Jack Isestad och Kevin Wenngren gjorde målen för Västerhaninge, medan Mohammad Jafr nätade för Viljan.
Västerhaninge har tre segrar, en oavgjord och en förlust på de senaste fem matcherna, medan Viljan har en vinst, en oavgjord och tre förluster.
Västerhaninge ligger på tredje plats i tabellen efter matchen, medan Viljan ligger på nionde plats.
Viljan tar sig an Brandbergen i nästa match hemma lördag 14 maj 14.00.