Oliver Frost Jovanovic blev matchhjälte med sitt avgörande 3-2-mål efter 88 minuter.
Vendelsö startade matchen piggt och tog ledningen direkt i början av matchen. Efter bara en minut slog Angelo Bonelli till.
Vendelsö ökade ledningen till 0-2 tidigt i matchen, genom Marcus Wänfelt Lupinski, i elfte minuten.
Viljan reducerade till 1-2 alldeles före halvtidspausen, genom Sargon Bartuma. I 65:e minuten slog Sargon Bartuma till på nytt, och kvitterade för Viljan.
Det matchavgörande målet kom i slutminuterna, med två minuter kvar att spela, när Oliver Frost Jovanovic slog till och gjorde 2-3 för Vendelsö.
Det här var Viljans femte uddamålsförlust den här säsongen.
I tabellen innebär det här att Viljan nu ligger på nionde plats. Vendelsö är på sjätte plats.
Fredag 4 augusti 19.30 spelar Viljan borta mot Brandbergen.