Sezar Al-Hakim gjorde två mål och Amin Amin ett mål för Eskilstuna FC, målet för Södertälje gjordes av Yvan Ngabonziza.
Eskilstuna FC har nu nio poäng efter tre spelade matcher, medan Södertälje har ett poäng efter två matcher.
I nästa match möter Eskilstuna FC Katrineholms SK borta på lördag 19 juni 15.00.