Coote har under hösten blivit uppmärksammad för videoklipp där han talat nedsättande om förre Liverpooltränaren Jürgen Klopp och i ett annat påstås han ha tagit kokain.
Tidningen The Sun uppgav för en tid sedan att de kommit över ett sms som bevisar att Coote varnade Leedsspelaren Ezgjan Alioski under en match 2019 sedan han i förväg kommit överens om det med en supporter.
I ett uttalande skriver elitdomarföreningen (PMGOL):
"Efter en grundlig utredning av David Cootes uppträdande har vi kommit fram till att hans anställning hos PMGOL i dag avslutas med omedelbar verkan".
Coote har varit avstängd under utredning sedan den 11 november.
Även det engelska fotbollsförbundet FA och det europeiska fotbollsförbundet Uefa utreder Coote.