Det meddelar det tyska fotbollsförbundet.
– När en av våra spelare blir rasistiskt förolämpad, är det inte ett alternativ att spela vidare, säger tränaren Stefan Kuntz enligt sajten Insidethegames.
Honduras fotbollsförbund har skrivit på Twitter att det handlar om ett "missförstånd på planen".
Ställningen var 1–1 när matchen avbröts.
Tyskland tog OS-silver i Rio de Janeiro 2016, efter att ha förlorat mot hemmalaget Brasilien i finalen. På torsdag inleder tyskarna OS-turneringen i Japan med en repris på finalen från 2016 när de ställs mot Brasilien i Yokohama.
Honduras möter Rumänien i första omgången, även den matchen spelas på torsdag.