Segermålet för Nykvarn stod Badou Cham för efter 89 minuter.
Efter åtta matcher i rad med poäng blev det till slut förlust för Mariefred.
Nykvarn startade matchen bäst och tog ledningen tidigt i matchen. Elias Hjerpe slog till, redan i 16:e minuten. Med sju minuter kvar att spela kvitterade Mariefred genom Valdemar Trobeck.
Det matchavgörande målet kom med en minut kvar att spela, när Badou Cham slog till och gjorde 2-1 för Nykvarn.
Förlusten var Mariefreds tredje uddamålsförlust.
Mariefreds nya tabellposition är andra plats, medan Nykvarn är på femte plats.
Nästa motstånd för Mariefred är Trosa Balkan. Lagen möts fredag 23 augusti 19.00 på Hammarens IP.