Zaharouna Haoudadji stod för Stallarholmens avgörande mål efter 60 minuter.
Stallarholmen har nu tre matcher i rad utan insläppt mål.
Segern var Stallarholmens fjärde på de senaste fem matcherna.
Stallarholmen har nu tolv poäng efter fem spelade matcher, medan IK Viljan Strängnäs U är utan poäng efter fyra matcher.
Nästa motstånd för Stallarholmen är Hällbybrunn. Lagen möts fredag 2 juli 19.00 på Caland Arena. IK Viljan Strängnäs U tar sig an Kvicksund hemma lördag 3 juli 13.00.