Hemmalagets mål gjordes av Peyman Alkoyun, Sargon Bartuma och Robin Zolfagary, medan bortalagets mål noterades på Elias Eliassi 2, Faiz Abdelaziz Benatallah och Karvan Delashob.
Det här var AFC Eskilstunas andra uddamålsförlust den här säsongen.
Båda lagen har haft en tuff start på serien. Kalmar United tog nu sin första seger och AFC Eskilstuna är helt utan poäng efter tre spelade matcher.
Lördag 4 november 16.00 spelar AFC Eskilstuna borta mot Real Internacional.