Ayoub Abassi, Muhammad Monieer Jabar Jabar och Fabian Yalda gjorde AFC Eskilstunas mål, medan Rinor Nushi 5, Lukman Murad och Stefan Ostojic stod för gästernas målgörande.
AFC Eskilstuna har fem förluster på de senaste fem matcherna, medan Stallarholmen har en vinst, två oavgjorda och två förluster.
I tabellen innebär det här att Stallarholmen nu ligger på sjunde plats. AFC Eskilstuna är på elfte plats.
I nästa match möter AFC Eskilstuna Skoftebyn svart borta på lördag 17 december 15.00.