Hammarbys målskyttar var Liridon Makolli och Peiman Pahlevan Afshari, medan Ahmed Ibrahim Mustafa gjorde målet för AFC Eskilstuna.
AFC Eskilstuna har en vinst och fyra förluster på de senaste fem matcherna, medan Hammarby har fyra vinster och en förlust. Det här var AFC Eskilstunas tredje uddamålsförlust den här säsongen.
AFC Eskilstuna stannar därmed på elfte plats, och Hammarby på sjätte plats, i tabellen.
I nästa match möter AFC Eskilstuna Norrköping FK borta på fredag 2 december 19.00.