Lavdim Azemi 2, Lars Bonde och Andy Borges Montoya Gomes gjorde Skoftebyn svarts mål, medan Ayoub Abassi 2 och Ousama Abassi stod för gästernas målgörande.
För Skoftebyn svart gör resultatet att man nu ligger på sjätte plats i tabellen, medan AFC Eskilstuna är på tionde plats.
I nästa omgång har AFC Eskilstuna Hammarby hemma i Stiga Sports Arena, söndag 13 februari 14.00.