Stallarholmens mål gjordes av Husein Aly och Milkyas Andue, AFC Eskilstunas av Ayoub Abassi och Kenny Tran.
Efter två matcher har Stallarholmen nu två poäng och AFC Eskilstuna har fyra poäng.
Nästa motstånd för AFC Eskilstuna är IFK Göteborg. Lagen möts söndag 3 oktober 15.00 i Stiga Sports Arena.