Hammarbys målskyttar var Gabriel Diaz och Özgür Yasar, medan Nikola Durovic gjorde målet för AFC Eskilstuna.
För hemmalaget betyder resultatet andra plats i tabellen. AFC Eskilstuna är på elfte plats.
I nästa omgång har AFC Eskilstuna Norrköping FK borta i Åby Arena, fredag 29 oktober 19.30.