Matchen var helt jämn efter två perioder, innan Eskilstuna Linden avgjorde.
Jesper Bärgård slog till 18.01 in i tredje perioden och blev matchhjälte med sitt 3-2-mål.
Segern var Eskilstuna Lindens fjärde på de senaste fem matcherna.
Flemingsberg tog ledningen efter 7.33, genom Loke Johansson assisterad av William Wallén och Sebastian Linder. Efter 6.05 i andra perioden slog Jakob Forslund till, framspelad av Cristopher Norlin och William Kaijser och kvitterade för Eskilstuna Linden. Flemingsberg tog ledningen på nytt genom Loke Johansson, som gjorde sitt andra mål, efter 7.02 i tredje perioden.
Därefter fixade Eskilstuna Lindens Jesper Bärgård att laget vände under 3-2 med två raka mål.
Eskilstuna Lindens Cristopher Norlin hade tre assists.
Det här var Eskilstuna Lindens tredje uddamålsseger den här säsongen.
För Eskilstuna Linden gör resultatet att laget nu ligger på 13:e plats i tabellen, medan Flemingsberg är på sjunde plats.
Säsongens första möte lagen emellan vann Flemingsberg med 7-4 .
Nästa motstånd för Eskilstuna Linden är Norrtälje. Lagen möts fredag 10 januari 19.00 i Heidelberghallen.