Samtlig tågtrafik till och från Stockholms Centralstation och Stockholm City påverkades:
► Stockholm C-Nyköping/Norrköping–Malmö/Köpenhamn.
► Stockholm C-Hallsberg-Göteborg/Karlstad/Oslo.
► Stockholm C-Eskilstuna-Arboga/Hallsberg.
Trafikverket meddelade också att inställda avgångar, omledningar och förseningar var att vänta under onsdagsmorgonen och efterföljande förmiddagen.
SL's pendeltåg ställdes in på samtliga linjer förutom linje 48 Gnesta-Södertälje C.
Orsaken till tågstoppet var en polisinsats i Stockholmsområdet, där personer varit synliga på spåret.
Vid 08.00 meddelade Trafikverket att det fanns en preliminär prognos för när trafiken kunde återupptas.
– 08.30 har vi fått från polisen. Sedan kommer ju förseningarna att kvarstå under förmiddagen, säger Josefine Gröndahl, presskommunikatör på Trafikverket.
Strax innan 08.30 skickades dock ett nytt trafikmeddelande ut om att det nu inte fanns någon prognos för återupptagandet av tågtrafiken.
Enligt uppgift från SVT deltog också bombgruppen i polisinsatsen, som uppgavs söka efter ett främmande föremål på Södra stationsområdet i Stockholm.
– När det är sådana här saker skickar vi alltid de bästa vi har, säger Kjell Lindgren på Stockholmspolisen till SVT.
Strax efter klockan 09.00 meddelade polisen via sin hemsida att sökinsatsen hade avslutats. Inga personer påträffades och inte heller något misstänkt föremål.
Strax därefter meddelade Trafikverket att trafiken för fjärr- och regionaltåg förbi Stockholms södra åter är i gång. Inställda tåg och följdförseningar är dock att vänta.