– Nu vidtar ett gigantiskt arbete att få ihop tågtrafiken, säger Bengt Olsson på Trafikverkets pressjour till TT.
Han säger att tåg, personal och resenärer nu är på fel platser jämfört med var de ska vara i förhållande till planeringen.
– Det kommer att vara ganska stora störningar under det resterande trafikdygnet, säger Olsson.
Arlanda Express är stängd resten av dygnet. Viss trafik kommer att bedrivas när det gäller fjärrtåg och SL Pendeltåg.
För närmare information hänvisar Trafikverket till respektive tågbolag.
Tidigare har Stockholms central varit låst. tåg med riktning mot Stockholm HAR stoppats vid Karlbergs station respektive Södra station.
Tunnelbanan, som varit stängd sedan 16-tiden, har nu fått klartecken från polisen att starta. Tågen kommer inte att stanna på Hötorget eller T-centralen, enligt SL.
– Det ska till mycket innan allt går som vanligt. Det är knöligt och vi måste få ut förare till alla tåg. Jag skulle inte rekommendera någon att springa till tunnelbanan just nu, säger SL:s kommunikatör Martina Wiklund.
Busstrafiken kommer att fortsätta omdirigeras efter polisens avspärrningar. Även pendeltågen ska komma igång, men vägarna kan blockeras av fjärrtåg.
Polisen har uppmanat alla personer att snabbt ta sig bort från centrala Stockholm. Poliser med skyddsutrustning och automatvapen finns på plats i området.
Polisen avråder folk från att vistas i city.
– Vår allmänna rekommendation är att man undviker city över huvud taget nu, både till fots och i bil, säger Lars Byström, presstalesperson på Stockholmspolisen.
Polisen har också uppmanat människor att inte röra sig mot Gamla Stan och att människor på Södermalm ska hålla sig inomhus.
Tiotusentals stockholmare har under kvällen tagit sig hem till fots från centrala Stockholm. Vid Riddarhuset och längs Skeppsbron i Gamla stan har en strid ström av människor synts traska söderut.
Stockholms kommun uppmanar människor som vistas i centrala Stockholm att höra av sig till sina anhöriga för att berätta att man inte är drabbad.
I riksdagshuset, som ligger nära Drottninggatan, har det kommit uppmaningar via högtalare att ingen person får lämna byggnaden på grund av det inträffade.
Enligt Swedavias presschef Anders Porelius går flygtrafiken som vanligt på Arlanda och Bromma flygplats.
– Men på Bromma, Arlanda och även Landvetter har vi synlig närvaro av polis och vakter.
Han säger att man för en dialog med polisen och att om det blir några förändringar för flygtrafiken sker det efter direktiv från polisen.
Öresundsbrokonsortiet har stängt flera körbanor på polisens begäran.
– Så vi har bara två körbanor för bilar öppna i riktning mot Danmark för att polisen ska kunna kontrollera, säger Sanna Holmqvist vid konsortiets pressjour.
Därför uppstår köbildning vid betalstationen.
– Det blir en begränsad genomströmning, säger Holmqvist.