35-åringen var 19,4 sekunder bakom täten efter 5 kilometer och nästa mellantid, vid 6,3, nådde aldrig svensken.
Halfvarsson valde att bryta den sista tävlingen under världscupen i norska Lillehammer.
"Strålar i benen"
Orsaken?
Ryggen.
– Jag känner inte igen min kropp. Jag hade ingen energi på uppvärmningen och det är som att jag åker med en halv kropp, ena sidan funkar inte, säger han till Viaplay.
– Ryggen strular. Det strålar ner i benen. Jag måste kolla upp vad det är.
Calle Halfvarsson avbröt den svenska skidpremiären i Bruksvallarna i slutet av november just med anledning av ryggproblem. Han blev dock åkklar till världscuppremiären i Ruka, Finland, och blev där tolva i 10 km klassiskt och sedan 29:a i 20 km fristil.
I Lillehammer blev han 33:a på 10 km fristil men valde sedan alltså att kliva av skiathlon över 20 km.
Står över Davos
Och någon världscupåkning i schweiziska Davos, som körs 13-15 december, lär det inte bli.
– Det är nog ingen höjdare att åka till höjden nu, säger Halfvarsson till Aftonbladet och menar att han i stället siktar på Tour de Ski som inleds den 28 december.
Bäst av svenskarna blev William Poromaa. 23-åringen var med i tätgruppen under hela loppet men tröttnade och blev elva, 23,8 sekunder efter vinnaren Harald Østberg Amundsen, Norge.
– Jag får släppa på "skaten". Det är så jävla dåligt, säger Poromaa till Viaplay.
– Jag tycker att jag är pigg men jag går ändå inte med. Antingen är jag djävulskt dålig eller... Jag vet inte vad det är, jag blir bara så less.
Jan Thomas Jenssen och Martin Løwstrøm Nyenget såg till att prispallen fylldes av norska åkare.