Enligt åtalet som lämnats in till Uppsala tingsrätt ska pastorerna i den numera nedlagda församlingen ha använt sig av "våld och religion som maktmedel" mellan åren 2013–2016. I en inlaga till domstolen kallar Tomas Eriksson, tidigare kammaråklagare i fallet, förhållandena i församlingen för "närmast sektliknande".

En av de före detta pastorerna, en Strängnäsbo i 50-årsåldern, åtalas för att sexuellt ha utnyttjat en person i beroendeställning till honom.

Mannen ska enligt åtalet allvarligt ha missbrukat den utsatta position som personen, en flicka i övre tonåren, ha stått i gentemot honom i egenskap av pastor. Mannen ska vid ett antal tillfällen under 2015 ha genomfört samlag eller "med samlag jämförbara handlingar" med flickan. Som skriftlig bevisning finns bland annat ett brev där mannen ber flickan om ursäkt för övergreppen. Mannen nekar dock till brottsanklagelserna.

Den för allmänheten kända Åsa Waldau, som numera bytt namn, är en av de andra åtalade. Hon har enligt åtalet gjort sig skyldig till flera fall av misshandel och ska bland annat ha huggit en gaffel i en persons hand, hoppat och stampat på en person, bitit en person i ansiktet och dunkat en persons huvud i en badrumsvägg.

– Det är totalt sex målsägande varav fyra har haft någon slags roll att passa upp på henne, säger åklagaren Liselott Herschend till TT.

Åsa Waldau nekar till alla anklagelser. I ett mail till TT kommenterar hennes försvarsadvokat åtalet:

"Åsa kan nu i efterhand se att den gemenskapen och den tron man levt i, inom en grupp av församlingen, lett till ett beteende som inte varit sunt. Det beklagar Åsa djupt i dag och hon är beredd att ta sin del av ansvaret för det. Åsa vill dock understryka att hon upplevt att man agerat tillsammans och i samförstånd i gruppen och att hon aldrig haft något uppsåt att göra någon illa".

Den tredje, en man i 45-årsåldern, åtalas för misshandel och olaga tvång. Mannen ska ha slagit och tryckt ner en person i marken och med ett grepp om hans hår tvingat honom att krypa. Den åtalade mannen erkänner brott och har även vittnat mot Waldau i flera av misshandelsfallen.

Brotten ska ha begåtts mot sammanlagt åtta personer. Enligt åtalet har flera av målsägarna uppgett att våld varit så vanligt förekommande att de haft svårt att urskilja enskilda tillfällen. De tillfällen som tas upp i åtalet är, enligt åklagaren Liselott Herschend, sådana som målsägarna särskilt minns då de "sticker ut".

I januari 2004 skedde ett mord och mordförsök i Filadelfiaförsamlingen i Knutby, fyra mil öster om Uppsala, som fick stor medial uppmärksamhet. Pastorn Helge Fossmo dömdes till livstids fängelse för anstiftan till mord och dubbla mordförsök. Enligt domstolen hade han förmått familjens före detta barnflicka att mörda hans fru och en man i grannhuset. Mannen överlevde dock mordförsöket.

Media lade, utöver mordet, stort fokus på pastorn Åsa Waldau, som av församlingen ansågs vara Kristi brud.

Så sent som i november 2017 polisanmäldes misshandel och sexuellt utnyttjande inom församlingen. Knutby Filadelfiaförsamling lades ned 2018.